MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Methanosaeta harundinacea 6Ac plasmid pH6Ac

Total Repeats: 196

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016637	CTC	2	6	246	251	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003072
2	NC_016637	ACT	2	6	279	284	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386003072
3	NC_016637	GAT	2	6	349	354	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386003072
4	NC_016637	AT	3	6	722	727	50 %	50 %	0 %	0 %	386003073
5	NC_016637	ATG	2	6	1197	1202	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386003074
6	NC_016637	CCT	2	6	1204	1209	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003074
7	NC_016637	ACG	2	6	1234	1239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003074
8	NC_016637	TTG	2	6	1338	1343	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386003074
9	NC_016637	GTT	2	6	1466	1471	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386003075
10	NC_016637	GCC	2	6	1562	1567	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386003075
11	NC_016637	CCGG	2	8	1588	1595	0 %	0 %	50 %	50 %	386003075
12	NC_016637	GGT	3	9	1596	1604	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386003075
13	NC_016637	ATCC	2	8	1616	1623	25 %	25 %	0 %	50 %	386003076
14	NC_016637	CTC	2	6	1624	1629	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003076
15	NC_016637	CTC	2	6	1667	1672	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003076
16	NC_016637	GAA	2	6	1685	1690	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386003076
17	NC_016637	TTC	2	6	1701	1706	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386003076
18	NC_016637	GGA	2	6	1724	1729	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003076
19	NC_016637	GGC	2	6	1757	1762	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
20	NC_016637	CGG	2	6	1766	1771	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
21	NC_016637	ATCGAA	2	12	1778	1789	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386003076
22	NC_016637	GAC	2	6	1836	1841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003076
23	NC_016637	CTC	2	6	1848	1853	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003076
24	NC_016637	GCGGG	2	10	1865	1874	0 %	0 %	80 %	20 %	386003076
25	NC_016637	CGGGG	2	10	1907	1916	0 %	0 %	80 %	20 %	386003076
26	NC_016637	CCTC	2	8	1940	1947	0 %	25 %	0 %	75 %	386003076
27	NC_016637	TGG	2	6	1960	1965	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386003076
28	NC_016637	CTCC	2	8	1970	1977	0 %	25 %	0 %	75 %	386003076
29	NC_016637	C	7	7	1979	1985	0 %	0 %	0 %	100 %	386003076
30	NC_016637	GCG	2	6	2000	2005	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
31	NC_016637	G	6	6	2005	2010	0 %	0 %	100 %	0 %	386003076
32	NC_016637	GGC	2	6	2035	2040	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
33	NC_016637	CTAT	2	8	2048	2055	25 %	50 %	0 %	25 %	386003076
34	NC_016637	GGAA	2	8	2063	2070	50 %	0 %	50 %	0 %	386003076
35	NC_016637	TCC	2	6	2077	2082	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003076
36	NC_016637	GTG	2	6	2175	2180	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386003076
37	NC_016637	GGA	2	6	2189	2194	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003076
38	NC_016637	CCA	2	6	2206	2211	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386003076
39	NC_016637	CT	3	6	2238	2243	0 %	50 %	0 %	50 %	386003076
40	NC_016637	ACCG	2	8	2268	2275	25 %	0 %	25 %	50 %	386003076
41	NC_016637	AAG	2	6	2298	2303	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386003076
42	NC_016637	CCG	2	6	2307	2312	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386003076
43	NC_016637	ACG	3	9	2313	2321	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003076
44	NC_016637	GGC	2	6	2388	2393	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
45	NC_016637	TTC	2	6	2397	2402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386003076
46	NC_016637	TCG	2	6	2443	2448	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386003076
47	NC_016637	GTG	3	9	2468	2476	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386003076
48	NC_016637	CGG	3	9	2492	2500	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
49	NC_016637	TGGC	2	8	2511	2518	0 %	25 %	50 %	25 %	386003076
50	NC_016637	ATC	2	6	2532	2537	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386003076
51	NC_016637	G	6	6	2569	2574	0 %	0 %	100 %	0 %	386003076
52	NC_016637	TCC	2	6	2581	2586	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003076
53	NC_016637	CGA	2	6	2624	2629	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003076
54	NC_016637	CCGGGG	2	12	2633	2644	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
55	NC_016637	G	6	6	2641	2646	0 %	0 %	100 %	0 %	386003076
56	NC_016637	GGA	2	6	2687	2692	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003076
57	NC_016637	GGA	2	6	2702	2707	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003076
58	NC_016637	GCG	2	6	2721	2726	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
59	NC_016637	GGC	2	6	2750	2755	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
60	NC_016637	CGG	2	6	2760	2765	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
61	NC_016637	GGC	2	6	2825	2830	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
62	NC_016637	TCT	2	6	2831	2836	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386003076
63	NC_016637	CGA	3	9	2855	2863	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003076
64	NC_016637	CGA	3	9	2870	2878	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003076
65	NC_016637	CCTCGC	2	12	2921	2932	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386003076
66	NC_016637	CGT	2	6	2941	2946	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386003076
67	NC_016637	ACC	2	6	3010	3015	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386003076
68	NC_016637	TCAAA	2	10	3019	3028	60 %	20 %	0 %	20 %	386003076
69	NC_016637	GGC	2	6	3204	3209	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
70	NC_016637	GAC	2	6	3210	3215	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003076
71	NC_016637	CCG	2	6	3238	3243	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386003076
72	NC_016637	TCC	2	6	3258	3263	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003076
73	NC_016637	ATCAC	2	10	3300	3309	40 %	20 %	0 %	40 %	386003076
74	NC_016637	TAA	2	6	3512	3517	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386003076
75	NC_016637	CAC	2	6	3535	3540	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386003076
76	NC_016637	ATG	2	6	3555	3560	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386003076
77	NC_016637	CTCC	2	8	3609	3616	0 %	25 %	0 %	75 %	386003076
78	NC_016637	CGG	3	9	3650	3658	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
79	NC_016637	AG	3	6	3669	3674	50 %	0 %	50 %	0 %	386003076
80	NC_016637	GAC	2	6	3746	3751	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003076
81	NC_016637	G	6	6	3754	3759	0 %	0 %	100 %	0 %	386003076
82	NC_016637	TCC	3	9	3778	3786	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003076
83	NC_016637	GGA	2	6	3814	3819	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003076
84	NC_016637	CCGG	2	8	3854	3861	0 %	0 %	50 %	50 %	386003076
85	NC_016637	TCC	2	6	3891	3896	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003076
86	NC_016637	GTGG	2	8	3959	3966	0 %	25 %	75 %	0 %	386003076
87	NC_016637	GGC	2	6	4010	4015	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003076
88	NC_016637	CCG	2	6	4132	4137	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386003076
89	NC_016637	CAG	2	6	4181	4186	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003076
90	NC_016637	CCG	2	6	4192	4197	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386003076
91	NC_016637	C	6	6	4360	4365	0 %	0 %	0 %	100 %	386003076
92	NC_016637	GCGACG	2	12	4396	4407	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386003076
93	NC_016637	AGA	2	6	4468	4473	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386003076
94	NC_016637	GA	3	6	4476	4481	50 %	0 %	50 %	0 %	386003076
95	NC_016637	AG	4	8	4487	4494	50 %	0 %	50 %	0 %	386003076
96	NC_016637	CCACAG	2	12	4539	4550	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386003076
97	NC_016637	TGG	2	6	4562	4567	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386003076
98	NC_016637	GGA	2	6	4652	4657	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003076
99	NC_016637	AGA	2	6	4665	4670	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386003076
100	NC_016637	A	6	6	4742	4747	100 %	0 %	0 %	0 %	386003076
101	NC_016637	A	7	7	4763	4769	100 %	0 %	0 %	0 %	386003076
102	NC_016637	CCCT	2	8	4788	4795	0 %	25 %	0 %	75 %	386003076
103	NC_016637	CCT	2	6	4817	4822	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003076
104	NC_016637	CGA	2	6	4823	4828	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003076
105	NC_016637	AG	3	6	4847	4852	50 %	0 %	50 %	0 %	386003076
106	NC_016637	G	7	7	4868	4874	0 %	0 %	100 %	0 %	386003076
107	NC_016637	GAG	2	6	5447	5452	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003077
108	NC_016637	GAG	2	6	5489	5494	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003077
109	NC_016637	GGA	2	6	5539	5544	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003077
110	NC_016637	GGC	2	6	5873	5878	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003078
111	NC_016637	ACG	2	6	5915	5920	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003078
112	NC_016637	CT	3	6	5932	5937	0 %	50 %	0 %	50 %	386003078
113	NC_016637	AGGC	2	8	5983	5990	25 %	0 %	50 %	25 %	386003078
114	NC_016637	GCG	2	6	6168	6173	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003079
115	NC_016637	CGA	2	6	6181	6186	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003079
116	NC_016637	GGC	3	9	6241	6249	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003079
117	NC_016637	ATG	2	6	6278	6283	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386003079
118	NC_016637	GCGGG	2	10	6286	6295	0 %	0 %	80 %	20 %	386003079
119	NC_016637	CGG	2	6	6321	6326	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003080
120	NC_016637	CGA	2	6	6358	6363	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003080
121	NC_016637	CTGG	2	8	6389	6396	0 %	25 %	50 %	25 %	386003080
122	NC_016637	GAG	2	6	6414	6419	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003080
123	NC_016637	CCG	2	6	6423	6428	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386003080
124	NC_016637	CGGGG	2	10	6464	6473	0 %	0 %	80 %	20 %	386003080
125	NC_016637	GAT	2	6	6483	6488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386003080
126	NC_016637	CTG	2	6	6577	6582	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386003081
127	NC_016637	CGA	2	6	6594	6599	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003081
128	NC_016637	AGA	2	6	6660	6665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386003081
129	NC_016637	G	6	6	6672	6677	0 %	0 %	100 %	0 %	386003081
130	NC_016637	GA	3	6	7006	7011	50 %	0 %	50 %	0 %	386003082
131	NC_016637	ACC	2	6	7118	7123	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386003082
132	NC_016637	ACAG	2	8	7138	7145	50 %	0 %	25 %	25 %	386003082
133	NC_016637	CCT	2	6	7159	7164	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003082
134	NC_016637	GCC	2	6	7175	7180	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386003082
135	NC_016637	ACCA	2	8	7207	7214	50 %	0 %	0 %	50 %	386003082
136	NC_016637	AGA	2	6	7248	7253	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386003082
137	NC_016637	GACCG	2	10	7319	7328	20 %	0 %	40 %	40 %	386003082
138	NC_016637	CAG	2	6	7331	7336	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003082
139	NC_016637	CAA	2	6	7484	7489	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386003083
140	NC_016637	TAT	2	6	7544	7549	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386003083
141	NC_016637	TCG	2	6	7585	7590	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386003083
142	NC_016637	CCAC	2	8	7610	7617	25 %	0 %	0 %	75 %	386003083
143	NC_016637	CAGG	2	8	7625	7632	25 %	0 %	50 %	25 %	386003083
144	NC_016637	TGT	2	6	7695	7700	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386003083
145	NC_016637	TG	3	6	7726	7731	0 %	50 %	50 %	0 %	386003083
146	NC_016637	TCT	2	6	7747	7752	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386003083
147	NC_016637	GTT	2	6	7780	7785	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386003083
148	NC_016637	AGA	2	6	7977	7982	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386003084
149	NC_016637	ATT	2	6	8046	8051	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386003084
150	NC_016637	TCT	2	6	8052	8057	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386003084
151	NC_016637	TA	3	6	8061	8066	50 %	50 %	0 %	0 %	386003084
152	NC_016637	AGC	2	6	8151	8156	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003084
153	NC_016637	ATCC	2	8	8162	8169	25 %	25 %	0 %	50 %	386003084
154	NC_016637	GAAG	2	8	8753	8760	50 %	0 %	50 %	0 %	386003085
155	NC_016637	CTT	2	6	8810	8815	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386003085
156	NC_016637	TA	3	6	8820	8825	50 %	50 %	0 %	0 %	386003085
157	NC_016637	AGC	2	6	8835	8840	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003085
158	NC_016637	GGC	4	12	9107	9118	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003086
159	NC_016637	CGA	2	6	9122	9127	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003086
160	NC_016637	CGT	2	6	9149	9154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386003086
161	NC_016637	GACC	2	8	9188	9195	25 %	0 %	25 %	50 %	386003086
162	NC_016637	ATC	2	6	9201	9206	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386003086
163	NC_016637	GGCT	2	8	9226	9233	0 %	25 %	50 %	25 %	386003086
164	NC_016637	CTGG	2	8	9317	9324	0 %	25 %	50 %	25 %	386003086
165	NC_016637	CTT	2	6	9369	9374	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386003086
166	NC_016637	GGA	2	6	9389	9394	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003086
167	NC_016637	CAA	2	6	9476	9481	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386003086
168	NC_016637	CGG	2	6	9493	9498	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003086
169	NC_016637	GTG	2	6	9500	9505	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386003086
170	NC_016637	CGA	2	6	9514	9519	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003086
171	NC_016637	CGA	3	9	9553	9561	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003086
172	NC_016637	TCC	2	6	9637	9642	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386003086
173	NC_016637	GAG	2	6	9672	9677	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386003086
174	NC_016637	GCG	2	6	9684	9689	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003086
175	NC_016637	CCA	2	6	9717	9722	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386003086
176	NC_016637	GGAGA	2	10	10175	10184	40 %	0 %	60 %	0 %	386003087
177	NC_016637	GGTA	2	8	10269	10276	25 %	25 %	50 %	0 %	386003087
178	NC_016637	CT	3	6	10277	10282	0 %	50 %	0 %	50 %	386003087
179	NC_016637	ATT	2	6	10285	10290	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386003087
180	NC_016637	TGA	2	6	10337	10342	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386003087
181	NC_016637	TC	3	6	10573	10578	0 %	50 %	0 %	50 %	386003087
182	NC_016637	GGTATA	2	12	10628	10639	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386003087
183	NC_016637	AGA	2	6	10723	10728	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386003087
184	NC_016637	AG	3	6	10864	10869	50 %	0 %	50 %	0 %	386003088
185	NC_016637	ATC	2	6	10989	10994	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386003088
186	NC_016637	CAT	2	6	11107	11112	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386003089
187	NC_016637	CTA	2	6	11125	11130	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386003089
188	NC_016637	CGGCT	2	10	11143	11152	0 %	20 %	40 %	40 %	386003089
189	NC_016637	GAC	2	6	11327	11332	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386003089
190	NC_016637	TAAT	2	8	11343	11350	50 %	50 %	0 %	0 %	386003089
191	NC_016637	CGG	2	6	11353	11358	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386003089
192	NC_016637	TACC	2	8	11376	11383	25 %	25 %	0 %	50 %	386003089
193	NC_016637	ACATC	2	10	11661	11670	40 %	20 %	0 %	40 %	386003089
194	NC_016637	C	7	7	11701	11707	0 %	0 %	0 %	100 %	386003089
195	NC_016637	GAA	2	6	11752	11757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386003089
196	NC_016637	TTC	2	6	11816	11821	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386003089

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.